С поред една теория Боянската църква е вдигната на това място заради лечебния извор в близост. Тя има два патрона - „Св. св. Никола и Панталеймон“, като е истински шедьовър на средновековното храмостроителство и зографство. Вътре се намира най-старото известно изображение у нас на Св. Иван Рилски, както и живописните ликове на цар Калоян и съпругата му Десислава.
Неизвестни остават авторите на фреските. Те вероятно са възпитаници на Търновската живописна школа. След като работят по черквата, им тръгва названието Боянски майстор. През 2016 екип от археолози разчита надпис на дъбовата врата на църквата, който гласи „Аз, Василий, писах“. Според учените той е оставен от Василий Зограф - един от зографите, които рисуват стенописите през 1259 г. Покрай откритието става ясно, че вратата на Боянската църква е най-старата позната в България - на възраст около 760 години.
Асен Тих
Възрасти хора разказват, че според легендите преди 1000 г. на мястото е имало селска черква. През 1257 г. на българския престол е избран за цар Константин Асен Тих, който дотогава е бил управител на град Скопие. За управител на Средец (София) той назначава своя братовчед севастократор Калоян. Именно той, както сочи надпис на старобългарски език, е дарителят, който през 1259 г. дава средствата за изграждането на втората част на църквата и стенописите. Севастократор Калоян и съпругата му са именувани с почетната титла ктитори на храма. Техните потрети са изпълнени с ярка индивидуалност и психологизъм заедно с тези на цар Константин и царица Ирина. Това се считат за едни от най-старите запазени портретни изображения на личности от българската история.
Гробници
В архитектурно отношение храмът се отнася към типа двуетажни църкви - гробници. Долно ниво, предназначено за крипта (гробница), и горно за семеен параклис.
Все пак Боянската църква дължи своята световна известност преди всичко на стенописите от 1259 г., които отразяват изключителните постижения на българската средновековна култура. В по-голямата си част пресъздадените над 240 изображения се отличават с индивидуалност, убедителна психологическа характеристика и виталност. Живописта следва канони за изписване на християнски храм, установени с решенията на Седмия вселенски църковен събор, състоял се в Никея през 787 г.
Вседържител
В първата част на храма в купола се намира величественият образ на Христос Вседържител (Пантократор). Под него в барабана са представени ангели, а в пандантивите - четиримата евангелисти Матей, Марко, Лука и Йоан. Върху челата на арките са изписани четири образа на Христос - Емануил, Ветхий денми (по-стар от дните) и неръкотворните Убрус и Керемида.
В олтарната конха е представена св. Богородица с Младенеца на трон, заобиколена от архангели. В притвора (втората част на църквата) 18 сцени представят житието на св. Никола. В люнета над входа на притвора е изображението на св. Богородица с малкия Христос, св. Ана и св. Йоаким и благославящата Божия десница. В преддверието са изписани и двама много почитани от българите светци - св. Иван Рилски и св. Петка (Параскева).
Любомир Старидолски